Проф. д-р Евгени Станимиров е ректор на Икономически университет – Варна от 2019 г. От 2011 г. до 2019 г. е зам.-ректор „Учебна дейност и акредитация“, а в периода 2014 г.–2015 г. – директор на Център за дистанционно обучение и директор на Център за магистърско обучение.

От 2009 г. до 2011 г. е ръководител на отдел „Учебна дейност и студенти“ в Икономически университет – Варна.

В качеството си на ръководител на първата специализирана катедра „Маркетинг“в България (2011 г.–2020 г.) администрира 7 проекти за обучение, сред които иновативната съвместна програма с Nottingham Trent University (Великобритания). Координира от страна на ИУ – Варна програмата UIF по предприемачество, креативност и иновации на Stanford University, Калифорния (САЩ).

Проф. д-р Евгени Станимиров е зам.-председател на УС на Съюза на икономистите в България, член на УС на Съвета на ректорите на висшите училища в България и на УС на Асоциацията на специалистите по корпоративна социална отговорност, както и член на контролната комисия на Българска асоциация за развитие на мениджмънта и предприемачеството.